Het jaarlijkse FEBS-congres is een van de meest zichtbare activiteiten van FEBS. Als een van de grootste bio-congressen in Europa, dat tot wel 2000 deelnemers trekt, biedt het congres een platform voor internationale wetenschappelijke uitwisseling en toont het de nieuwste ontwikkelingen op het gebied van biochemie, moleculaire biologie en aanverwante gebieden. Het congres omvat inspirerende plenaire lezingen gepresenteerd door vooraanstaande wetenschappers, een reeks vakgerichte symposia om dieper in te gaan op verschillende gebieden van biowetenschappelijk onderzoek, uitgebreide posterpresentaties, en interessante workshops en andere activiteiten over verwante onderwerpen. Het is ook een viering van prestaties, waarbij verschillende FEBS-medailles en prijzen worden uitgereikt. FEBS-congressen zijn een samenwerking tussen FEBS en een of meer van haar aangesloten verenigingen en verplaatsen elk jaar naar een andere locatie binnen het FEBS-gebied.